Los Túneles se sont formés lorsque la lave en surface s'est refroidie en une croûte fragile tandis que la roche en fusion en dessous continuait de couler vers la mer, laissant derrière elle un labyrinthe d'arches, de ponts et de corridors submergés qui abritent aujourd'hui l'une des concentrations de vie marine les plus denses des Galápagos. L'événement géologique qui a sculpté Cabo Rosa s'est produit lors de la phase éruptive la plus récente d'Isabela, lorsque les volcans Sierra Negra et Cerro Azul ont poussé des coulées basaltiques sur le flanc sud de l'île et dans le Pacifique. Ce qui est resté après que l'océan ait réclamé les tunnels est une cathédrale à moitié submergée de pierre noire—des arches assez hautes pour naviguer en panga, des canaux assez étroits pour toucher les deux parois, et des bassins de marée si clairs que la frontière entre l'air et l'eau se dissout. Le site a obtenu une protection juridique en 1998 lorsque l'Équateur a agrandi la réserve marine des Galápagos, désignant Cabo Rosa comme une zone de non-prélèvement où la pêche et le mouillage sont interdits toute l'année. Les biologistes marins attribuent à l'architecture unique des tunnels la création d'un microhabitat qui soutient des espèces rarement vues ensemble ailleurs dans l'archipel : les manchots des Galápagos nichent dans les crevasses basaltiques, les tortues marines vertes broutent les algues qui tapissent les plates-formes peu profondes, et les requins de récif à pointes blanches se reposent dans les corridors submergés pendant la journée. Un recensement de 2019 a enregistré 47 manchots individuels dans un rayon d'un demi-kilomètre autour du complexe d'arches principal, l'une des densités les plus élevées documentées en dehors de l'île Fernandina. La même étude a enregistré 112 observations de tortues marines en une seule matinée, la plupart concentrées dans les canaux bordés de mangroves où les gradients de salinité créent des zones d'alimentation. Les itinéraires de plongée en apnée de l'excursion los tuneles sur l'île Isabela suivent un circuit prescrit dans le sens des aiguilles d'une montre commençant aux arches extérieures et se déplaçant vers l'intérieur vers les bas-fonds de mangrove, une séquence conçue pour maximiser les rencontres avec la faune pendant que la marée matinale est haute et que la visibilité dépasse vingt mètres. Les guides imposent une règle de distance de deux mètres pour toute la mégafaune et limitent la taille des groupes à douze visiteurs par panga pour éviter de perturber les sédiments dans les passages étroits. Le substrat volcanique reste fragile—les réglementations du parc interdisent de toucher les formations de lave, qui se fracturent facilement sous la pression et fournissent des surfaces d'attache critiques pour les invertébrés endémiques. La plupart des opérateurs partent de Puerto Villamil avant l'aube pour atteindre les tunnels à huit heures, lorsque l'angle du soleil équatorial éclaire les arches sous-marines sans créer les ombres dures qui obscurcissent la vie marine plus tard dans la journée. Les traversées de retour rencontrent généralement des clapotis de vent l'après-midi, un compromis accepté par les guides naturalistes qui privilégient la plongée en apnée en eaux calmes au confort des passagers lors du retour.