Los Túneles se formaron cuando la lava superficial se enfrió convirtiéndose en una corteza frágil, mientras que la roca fundida debajo continuaba fluyendo hacia el mar, dejando atrás un laberinto de arcos, puentes y corredores sumergidos que ahora albergan una de las concentraciones de vida marina más densas de Galápagos. El evento geológico que talló Cabo Rosa ocurrió durante la fase eruptiva más reciente de Isabela, cuando los volcanes Sierra Negra y Cerro Azul empujaron flujos basálticos a través del flanco sur de la isla y hacia el Pacífico. Lo que quedó después de que el océano reclamó los túneles es una catedral semisumergida de piedra ennegrecida: arcos lo suficientemente altos como para navegar en panga, canales lo suficientemente estrechos como para tocar ambas paredes, y piscinas naturales tan claras que la frontera entre el aire y el agua se disuelve. El sitio obtuvo protección legal en 1998 cuando Ecuador expandió la Reserva Marina de Galápagos, designando a Cabo Rosa como una zona de no extracción donde la pesca y el anclaje están prohibidos todo el año. Los biólogos marinos atribuyen a la arquitectura única de los túneles la creación de un microhábitat que sustenta especies raramente vistas juntas en otras partes del archipiélago: los pingüinos de Galápagos anidan en las grietas de basalto, las tortugas marinas verdes pastan en las algas que cubren las plataformas poco profundas y los tiburones de arrecife de punta blanca descansan en los corredores sumergidos durante las horas del día. Un censo de 2019 registró 47 pingüinos individuales dentro de un radio de medio kilómetro del complejo principal de arcos, una de las densidades más altas documentadas fuera de la isla Fernandina. La misma encuesta registró 112 avistamientos de tortugas marinas en una sola mañana, la mayoría concentrados en los canales bordeados de manglares donde los gradientes de salinidad crean zonas de alimentación. Las rutas de esnórquel del tour a Los Túneles en la isla Isabela siguen un circuito prescrito en el sentido de las agujas del reloj, comenzando en los arcos exteriores y moviéndose hacia adentro hacia las aguas poco profundas de los manglares, una secuencia diseñada para maximizar los encuentros con la fauna mientras la marea alta de la mañana y la visibilidad superan los veinte metros. Los guías imponen una regla de distancia de dos metros para toda la megafauna y limitan el tamaño de los grupos a doce visitantes por panga para evitar la perturbación de sedimentos en los pasajes estrechos. El sustrato volcánico permanece frágil: las regulaciones del parque prohíben tocar las formaciones de lava, que se fracturan fácilmente bajo presión y proporcionan superficies de fijación críticas para los invertebrados endémicos. La mayoría de los operadores parten de Puerto Villamil antes del amanecer para llegar a los túneles a las ocho, cuando el ángulo del sol ecuatorial ilumina los arcos submarinos sin crear las sombras intensas que oscurecen la vida marina más tarde en el día. Los viajes de regreso generalmente encuentran oleaje vespertino, un compromiso aceptado por los guías naturalistas que priorizan el esnórquel en aguas tranquilas sobre la comodidad de los pasajeros en el camino de regreso.